La novedad temática del museo se centra en dos conceptos básicos: transporte y territorio. Unificar ambos conceptos y conjugar estos valores históricos es el objetivo principal del futuro Museo del Transporte y del Territorio de la Comunidad Valenciana.

Transmitir el conocimiento de esta parcela de nuestra Historia con la intención pedagógica de revalorizar este legado patrimonial es su misión. Podemos concretar esta misión a través de los distintos objetivos a desarrollar en el Museo:

• Difundir la historia de los transportes: sus orígenes, su constante evolución, su influencia en el desarrollo de la sociedad y la Historia.
• Preservar y conservar el patrimonio relacionado con la historia de los transportes en el ámbito de la Comunidad Valenciana, sobre todo en lo referente a todo tipo de vehículos.
• Recuperar y propiciar el retorno a la Comunidad Valenciana de cualquier elemento relacionado con el transporte y el territorio de la misma que por las circunstancias que fuere se hallen fuera de su ámbito.
• Dar a conocer el territorio como un legado histórico construido y organizado por la sociedad que lo habita y con la finalidad de comunicarse.
• Potenciar la valoración de este territorio construido como patrimonio histórico y cultural de todos los ciudadanos.
• Mostrar la constante interacción entre la evolución tecnológica de vehículos y carreteras o vías.
• Informar sobre la influencia de las nuevas tecnologías, energías y técnicas constructivas aplicadas a la ingeniería civil.
• Mostrar las intensas relaciones que desde la Antigüedad ha habido entre transporte y actividad económica, su dimensión cultural, social, política e ideológica.
• Dar a conocer las más importantes obras de infraestructuras realizadas desde la Antigüedad hasta nuestros días.
• Fomentar la investigación histórica sobre el mundo del transporte y del territorio.